En Manaure se encuentran corrientes de agua en su mayoría arroyos; en general el Municipio está rodeado por el mar Caribe y la cabecera municipal es atravesada por el arroyo Limón que también es un humedal, hogar de gran cantidad de especies nativas y migratorias. La flora está dominada por cactus, tunas; también se da el trupillo, árbol propio del desierto guajiro, además su clima y terrenos favorecen el cultivo de la sábila o aloe vera. El paisaje natural es de los más hermosos del país. Los amaneceres y atardeceres hacen contraste con el verde azul del mar y la blancura de las charcas de sal.
